Lääketeollisuus ry:n hallituksessa on sääntöjen mukaan 12 jäsentä. Näistä seitsemän, mikäli mahdollista, edustaa kymmentä suurinta jäsenyritystä ja viisi muita jäsenyrityksiä. Kunkin jäsenen toimikausi on kolme vuotta ja yksi kolmasosa jäsenistä on kerrallaan erovuorossa.

Hallitus kokoontuu puheenjohtajan tai vara-puheenjohtajan kutsusta noin kerran kuukaudessa, yleensä noin 10 kertaa vuodessa. Hallitus valitsee keskuudestaan puheenjohtajan ja 2 varapuheen-johtajaa. Puheenjohtajisto muodostaa yhdessä toimitusjohtajan kanssa työvaliokunnan. Työvaliokuntaan voidaan hallituksen päätöksellä kutsua myös muita jäseniä. Hallituksen kokouksen käsiteltäväksi tulevat asiat valmistellaan työvaliokunnassa.